Религиозные мотивы занимают значительное место в творчестве Юрия Шевчука. Он исповедует православие, однако достаточно критически относится к совмещению политики и Церкви, и осуждает религиозный фанатизм.
...И многие фанатики и религиозные и политические, они больше, как писал Бердяев, они верят больше в сатану, чем в Бога. Потому что они почему-то не верят в человека. Потому что они думают, что человек инакомыслящий он пойдет не той дорогой, он не тех выберет. Он не будет жить так, как положено. Понимаете. И поэтому я конечно, как человек верующий в силы добра, я думаю, что они гораздо больше, чем силы зла...
...Церковь это образ, и когда этот образ начинает, я еще раз говорю, образ начинает включать политику, это чудовищно просто. Это все кончается кострами инквизиции. А церковь для меня, я вот пришел к вере в те годы 70-е, когда церковь была в полном загоне. Когда я, чтобы прийти на пасху, будучи хипаном, волосатым таким и я попадал в милицию просто. Потому что там мели так же как сейчас на «Маршах несогласных». Если ты к храму просто подошел. Вы вспомните. Вот эти комсомольские дружинники и так далее, и быть верующим и ходить в храм Божий, это было страшно революционно...
... То, что некоторые бюрократы от РПЦ пытаются на образ Божий наложить политическую кальку какую-то, за Путина, против Путина, это бред собачий. Церковь это вообще "над-", и вера — "над политикой". Это совершенно не касается политики. Церковь это любовь и терпение.
В 2004 году был снят 10-серийный фильм об истории Русской Православной Церкви «Земное и небесное» . Ведущим 7-го фильма «Без Патриарха» стал Юрий Шевчук. Стоит отметить, что фильм снят с благословения Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II.
14 апреля 2006 года, в канун Лазаревой Субботы, в Отделе внешних церковных связей постоянный член Священного Синода митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (ныне Патриарх Московский и Всея Руси) встретился с православными рок-музыкантами, в числе которых был Юрий Шевчук.
С 29-го апреля по 29-ое мая 2008 года прошёл Всеукраинский концертный тур, приуроченный к празднованию 1020-летия Крещения Руси, охвативший 18 городов страны, от запада к востоку. В миссионерском туре принимали участие группы: «С. К. А. Й.» (Тернополь), «Братья Карамазовы» (Киев) и «ДДТ» (Санкт-Петербург), а также священнослужители и богословы. Всю поездку музыкантов сопровождает диакон Андрей Кураев, чьи выступления можно услышать в каждом городе как на концертах, так и на его собственных лекциях. Деятельность музыкантов была высоко оценена митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром, который наградил участников миссионерского рок-тура орденами Украинской православной церкви «1020 лет Крещения Киевской Руси».
В 2009 году священник Днепропетровской епархии Евгений Максименко записал совместный альбом с группой «ДДТ». В альбом, который получил название «Ныне отпущаеши», вошли семь произведений. Это стихотворения протоиерея Евгения Максименко, положенные на музыку группой Юрия Шевчука.
